Οι αυτοάνοσες ασθένειες, όπως η σκλήρυνση κατά πλάκας, η ρευματοειδής αρθρίτιδα, οι φλεγμονώδεις νόσοι του εντέρου, ο διαβήτης τύπου 1 και η ψωρίαση, αποτελούν ένα ετερογενές σύνολο ασθενειών, που μοιράζονται κοινά χαρακτηριστικά. Οι αμυντικοί μηχανισμοί τέτοιων αυτοάνοσων ασθενειών ενεργοποιούνται με τη μεσολάβηση των Τ-κυττάρων. Είναι αποδεδειγμένο ότι υφίστανται γενετικοί παράγοντες που προδιαθέτουν την ανάπτυξη φλεγμονωδών αυτοάνοσων νοσημάτων. Ωστόσο, υπάρχουν δεδομένα που καταδεικνύουν, διαμέσω χαμηλής συσχέτισης, σε μονοζυγωτικούς διδύμους, τους περιβαλλοντικούς παράγοντες ως κυρίαρχους στην εκδήλωση αυτοάνοσων ασθενειών.
Η παραπάνω τοποθέτηση ενισχύεται από την αύξηση των αυτοάνοσων νοσημάτων τις τελευταίες δεκαετίες. Πιο συγκεκριμένα, τα αυτοάνοσα νοσήματα εντοπίζονται κυρίως στις δυτικές κοινωνίες ενώ πολύ μικρότερος είναι ο αριθμός εμφάνισής τους στον ανατολικό κόσμο. Αυτό που παρατηρείται, σήμερα, είναι ότι υπάρχουν ορισμένες περιοχές και συγκεκριμένα δυτικοποιημένες περιοχές με υψηλό κοινωνικοοικονομικό επίπεδο που έχουν υψηλά ποσοστά εμφάνισης αυτοάνοσων νοσημάτων, ενώ ορισμένες περιοχές του ανατολικού κόσμου παρουσιάζουν ακριβώς το αντίθετο φαινόμενο.
Υπάρχουν διάφορες εξηγήσεις για το πως ο τρόπος ζωής στη Δύση ευνοεί την ανάπτυξη αυτοάνοσων ασθενειών, με βασικότερη υπόθεση την καλή υγειονομική περίθαλψη και το αποστειρωμένο περιβάλλον, τα οποία περιορίζουν την έκθεση μας σε παθογόνους παράγοντες,εμποδίζοντας εμμέσως την ανάπτυξή τους και την καλή λειτουργία του ανοσοποιητικού μας συστήματος. Επιπροσθέτως, ένας ακόμη παράγοντας που εικάζεται ότι ευνοεί την εκδήλωση αυτοάνοσων νοσημάτων είναι το στρες που αυξάνεται λόγω ψυχοκοινωνικών παραγόντων και λόγω των υψηλών απαιτήσεων της εργασίας. Επίσης, το κάπνισμα και ηκατανάλωση οινοπνευματωδών ποτών φαίνεται να αποτελούν πρόσθετους παράγοντες που ευνοούν την εκδήλωση τέτοιων ασθενειών.
Ακόμα, η έλλειψη φυσικής δραστηριότητας σε συνδυασμό με την πρόσληψη υπερβολικής ενέργειας,μέσω της τροφής,και την κατανάλωση “γρήγορου φαγητού” ευνοούν την ανάπτυξη της παχυσαρκίας, στις ανεπτυγμένες κοινωνίες. Η παχυσαρκία με τη σειρά της δημιουργεί ένα πρόσφορο έδαφος για εμφάνιση μεταβολικών και καρδιαγγειακών παθήσεων, και γίνεται ολοένα και πιο σαφές, πως οι διατροφικές συνήθειες στις δυτικές κοινωνίες (υψηλή ενεργειακή πρόσληψη, πολλά λιπαρά, πολύ αλμυρά, και υψηλός δείκτη BMI) συνιστούν επίσης παράγοντες για αυτοάνοσες ασθένειες.
Η συσχέτιση μεταξύ της δίαιτας και του κινδύνου εμφάνισης φλεγμονώδων αυτοάνοσων ασθενειών προτάθηκε ήδη πριν από 50 χρόνια. Οι ασθένειες που επηρεάζονται εμφανώς από τη διατροφή περιλαμβάνουν τη νόσο του Crohn και την ελκώδη κολίτιδα, που γενικά ομαδοποιούνται ως IBD (inflammatoryboweldisease), όπου τα παθολογικά επηρεασμένο όργανο είναι το έντερο. Ωστόσο, αξίζει να αναφερθεί, πως ο ακριβής ρόλος της δίαιτας ως παράγοντας κινδύνου, σε αυτές τις περιπτώσεις, είναι λιγότερο ξεκάθαρος.
Πολλά τρόφιμα και συστατικά τροφίμων, συμπεριλαμβανομένου του διαιτητικού γάλακτος, των υδατανθράκων, των λιπών, των πρωτεϊνών, των ινών, των φρούτων και των λαχανικών, έχουν μελετηθεί ως δυνητικοί αιτιολογικοί παράγοντες στη φλεγμονώδη νόσο του εντέρου. Όμως, τα αποτελέσματα από την πλειοψηφία των μελετών είναι αμφιλεγόμενα και δεν υποστηρίζουν ακόμη κανέναν από αυτούς τους παράγοντες κινδύνου. Συστηματικές ανασκοπήσεις σημειώνουν ως πιθανό προδιαθεσικό παράγοντα αυτοάνοσης ασθένειας μια δίαιτα πλούσια σε ζωική πρωτεΐνη ενώ αντιθέτως παρουσιάζεται ένα προστατευτικό αποτέλεσμα με την κατανάλωση ω-3 πολυακόρεστων λιπαρών οξέων (PUFA) στην νόσο του Crohn και την ελκώδη κολίτιδα. Αμφισβιτήσιμα, ήταν και τα αποτελέσματα σχετικά με το ρόλο του αγελαδινού γάλακτος, των χυμών φρούτων και των μούρων στον διαβήτη τύπου 1.
Εν αντιθέσει, στις περιπτώσεις πολλαπλής σκλήρυνσης, η επίδραση της διατροφής είναι λιγότερο προφανής σε σχέση με την φλεγμονώδη νόσο του εντέρου,όπου παρουσιάστηκαν διαιτητικά στοιχεία, ως παράγοντες κινδύνου. Διατροφικές συσχετίσεις με την σκλήρυνση κατά πλάκας, περιλαμβάνουν θετική σύνδεση με την κατανάλωση γάλακτος αγελάδας, ζωικού λίπους και κρέατος, καθώς και με τη συνολική κατανάλωση ενέργειας και την παχυσαρκίας. Από την άλλη μεριά, βρέθηκε ότι οι δίαιτες που περιέχουν υψηλές ποσότητες ορισμένων πολυακόρεστων λιπαρών οξέων και φυτικών ινών μπορεί να μειώσουν τον κίνδυνο εμφάνισης σκλήρυνσης κατα πλάκας. Το ίδιο μοτίβο διατροφικών παραγόντων κινδύνου προτάθηκε, επίσης, από μελέτες στην ρευματοειδή αρθρίτιδα, αλλά τα επιδημολογικά ευρήματα σε σκλήρυνση κατά πλάκας και σε ρευματοειδή αρθρίτιδα δεν επιβεβαιώθηκαν από την πλειονότητα των πιο πρόσφατων μελετών. Αρκέτες μελέτες εξέτασαν τη σχέση μεταξύ της διατροφής και του κινδύνου εμφάνισης ψωρίασης, παρατηρώντας ευεργετικά αποτελέσματα με το ιχθυέλαιο, με την πρόσληψη λαχανικών και την κατανάλωση φρέσκων φρούτων.
Συνοψίζοντας, το σύνολο των μελετών που εξετάζουν τη διατροφή, ως αιτιολογικό παράγοντα στις φλεγμονώδεις αυτοάνοσες νόσους, δεν έχουν επιβεβαιώσει με τη σύνδεση τους. Η παχυσαρκία και το μεταβολικό σύνδρομο προδιαθέτουν τα άτομα σε μια πληθώρα χρόνιων παθήσεων,συμπεριλαμβανομένων και των φλεγμονωδών αυτοάνοσων ασθενειών. Πρόσφατες μελέτες καταδεικνύουν ότι ένα υψηλό BMI και η παχυσαρκία πριν την ενηλικίωση σχετίζονται με υψηλότερο κίνδυνο ανάπτυξης πολλαπλής σκλήρυνσης . Ορισμένες μελέτες δείχνουν συσχέτιση της παχυσαρκία και του μεταβολικού συνδρόμου με την ψωρίαση και την ρευματοειδή αρθρίτιδα.
Αντιθέτως το υπερβολικό βάρος και το μεταβολικό σύνδρομο δεν συσχετίζονται με τις φλεγμονώδεις νόσους του εντέρου, πιθανώς διότι τα συμπτώματα της νόσου μπορούν να μειώσουν την πρόσληψη της τροφής. Αξίζει να σημειωθεί ότι υφίσταται έρευνες, που αποδεικνύουν τη συσχέτιση μεταξύ παχυσαρκίας και φλεγμονωδών γαστρεντερικών διαταραχών, ενώ συγκεκριμένα στη νόσο του Crohn παρατηρούνται και αλλοιώσεις στον λιπώδη ιστό. Δεδομένου ότι η παχυσαρκία και το μεταβολικό σύνδρομο είναι αναμφισβήτητα οι πιο σταθεροί προδιαθεσικοί παράγοντες σε ένα μεγάλο σύνολο φλεγμονωδών αυτοάνοσων ασθενειών, θα ήταν δόκιμο να αποφευχθεί η υπερβολική συσσώρευση λίπους.